Matthiasas Maierhoferis vargonų, senosios muzikos ir bažnytinės muzikos specialybes studijavo Graco, Freiburgo, Leipcigo muzikos aukštosiose muzikos mokyklose ir Bazelio Schola Cantorum (profesorių Arvido Gasto, Andrea Marcono, Kurto Neuhauserio ir Martino Schmedingo klasės). 2003 m. tapo tarptautinio M.K.Čiurlionio konkurso Vilniuje, 2006 m. – Neimegeno (Nyderlandai), 2007 m. – Johanno Sebastiano Bacho konkurso Arnštate bei 2008 m. Franzo Schmidto konkurso Kicbiuhelyje (Austrija) laureatu, o 2007 m. laimėjo pirmąją premiją prestižiniame Niurnbergo vargonininkų konkurse. Aktyviai koncertuoja Europoje, Azijoje ir JAV, bendradarbiauja su Drezdeno „Kreuzchor“, Leipcigo „Thomanerchor“ chorais, Drezdeno ir Halės valstybinėmis kapelomis. Jo įrašus išleido „Ambitus“, „Ambiente“ ir „Spektral“ leidyklos. 2009–2013 m. vadovavo vargonų klasei Leipcigo F.Mendelssohno-Bartholdy aukštojoje muzikos ir teatro mokykloje, 2013 m. buvo paskirtas Teksaso universiteto (JAV) profesoriumi, kur už pedagoginius pasiekimus pelnė dekano tarybos nario garbės vardą bei Menų koledžo „Ducloux“ stipendiją. Nuo 2016 m. yra Freiburgo aukštosios muzikos mokyklos vargonų profesorius, Freiburgo Dievo Motinos katedros pagrindinis vargonininkas. Kaip kviestinis profesorius dėsto Kicbiuhelio vargonų akademijoje, Jeilio universitete, Šanchajaus konservatorijoje, Korėjos nacionaliniame menų universitete ir Poznanės muzikos akademijoje. Jo vargonų klasės studentai yra pelnę dešimtis aukščiausių apdovanojimų svarbiausiuose pasaulio vargonininkų konkursuose (St. Albans, Tokijo ir kt.) bei pelnę prestižines Vokietijos akademinių mainų tarnybos (DAAD) ir Vokietijos valstybines stipendijas.