Eglė Rudokaitė fortepijono specialybę ir vargonų fakultatyvą baigė Nacionalinėje M.K.Čiurlionio menų mokykloje. 2017–2023 m. studijavo Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje (LMTA), doc. dr. Balio Vaitkaus vargonų klasėje, kur įgijo magistro laipsnį. 2026 m. ji baigė magistrantūros studijas Miuncheno muzikos ir teatro akademijoje (prof. dr. Martino Sanderio klasė), o nuo šio rudens vargonų ir senosios muzikos studijas tęsia LMTA meno doktorantūroje. 2016 m. atlikėja pelnė II premiją Vilniuje vykusiame Jono Žuko jaunųjų vargonininkų konkurse. 2019 m. ji tapo VII Juozo Naujalio vargonininkų konkurso I premijos laureate ir buvo apdovanota specialiuoju prizu už geriausią J.Naujalio kūrinio interpretaciją. 2020 m. už studijų pasiekimus E.Rudokaitei skirta Lietuvos Respublikos Prezidento Antano Smetonos vardinė stipendija. 2022 m. ji laimėjo I premiją Jūrmalos (Latvija) tarptautiniame vargonininkų konkurse. Vargonininkė aktyviai koncertuoja solo ir su įvairiais kamerinės muzikos ansambliais. Nuo 2020 m. E.Rudokaitė vargonuoja Vilniaus arkikatedros bazilikoje. Ji yra Nacionalinės vargonininkų asociacijos narė, nuo 2023 m. – šios asociacijos valdybos narė. 2025 m. dalyvavo įrašant M.K.Čiurlionio kūrinių vargonams dvigubą CD albumą. Nuo 2026 m. dėsto Nacionalinėje M.K.Čiurlionio menų mokykloje.