Balys Vaitkus 1985 m. baigė prof. M.Azizbekovos fortepijono ir prof. L.Digrio vargonų klases Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, 1994 m. – vargonų aspirantūrą Liubeko aukštojoje muzikos mokykloje (prof. M.Haselböcko klasė). Stažavosi Prahos menų akademijoje, Académie de Sablé, Hagos Karališkojoje konservatorijoje, Leipcigo universiteto Muzikologijos institute. 2015 m. LMTA apgynė meno daktaro laipsnį (doktorantūros studijų vadovės – prof. G.Lukšaitė- Mrázková ir prof. hab. dr. G.Daunoravičienė). Yra tarptautinių pianistų ir vargonininkų konkursų Latvijoje (1984), Čekijoje (1989), Vokietijoje (1993) ir tarptautinio M.K.Čiurlionio vargonininkų konkurso (1995) laureatas bei prizininkas. Nuo 1989 m. dėsto Lietuvos muzikos ir teatro akademijos Fortepijono ir vargonų katedroje, docentas. Vedė meistriškumo kursus Krokuvos, Prahos, Rygos, Veimaro, Liublianos, Varšuvos aukštosiose muzikos mokyklose. Koncertuoja kaip solistas – vargonininkas ir klavesinininkas, taip pat su Lietuvos ir užsienio kameriniais bei simfoniniais orkestrais, chorais. Dalyvavo įrašant virš dešimties kompaktinių plokštelių, tarp kurių – CD „Žymieji Baltijos šalių vargonai“ (1995), „Lietuvos istoriniai vargonai“ (2008, 2015, 2017, 2023), „Sūduvos vargonų portretas“ (2018), „Vargonų laivė. Didieji C.Francko kūriniai vargonams“ (2022). Nuo 2017 m. yra Nacionalinės vargonininkų asociacijos pirmininkas.