Balys Vaitkus 1985 m. baigė prof. M.Azizbekovas fortepijono ir prof. L.Digrio vargonų klases Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, o 1994 m. – vargonų aspirantūrą Liubeko muzikos aukštojoje mokykloje (prof. M.Haselböcko klasę). Stažavosi Prahos menų akademijoje, Académie de Sablé (Prancūzija), Hagos karališkojoje konservatorijoje, Leipcigo universiteto Muzikologijos institute. 2015 m. LMTA apgynė meno daktaro laipsnį (doktorantūros vadovės – prof. G.Lukšaitė-Mrázková ir prof. habil. dr. G.Daunoravičienė). Yra tarptautinių pianistų ir vargonininkų konkursų Latvijoje (1984), Čekijoje (1989), Vokietijoje (1993) bei tarptautinio M.K.Čiurlionio vargonininkų konkurso (1995) laureatas ir prizininkas. Nuo 1989 m. dėsto Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, yra Fortepijono ir vargonų katedros docentas. Vedė meistriškumo kursus Krokuvos, Prahos, Rygos, Veimaro, Liublianos, Varšuvos muzikos aukštosiose mokyklose. Koncertuoja kaip solistas vargonininkas ir klavesinininkas, taip pat su Lietuvos bei užsienio kameriniais ir simfoniniais orkestrais, chorais. Dalyvavo įrašant dvylika kompaktinių plokštelių, tarp kurių – „Žymieji Baltijos šalių vargonai“ (1995), „Lietuvos istoriniai vargonai“ (2008, 2015, 2017, 2023), „Sūduvos vargonų portretas“ (2018), „Vargonų laivė. Didieji C.Francko kūriniai vargonams“ (2022) ir dvigubas albumas „M.K.Čiurlionis. Kūriniai vargonams“ (2025). Nuo 2017 m. yra Nacionalinės vargonininkų asociacijos pirmininkas.