Balys Vaitkus Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje baigė
fortepijono (prof. M.Azizbekovos klasė) ir vargonų (prof.
L.Digrio klasė) specialybes (1985), 1994 m. – vargonų
aspirantūrą Liubeko aukštojoje muzikos mokykloje (prof.
M.Haselböcko klasė). Stažavosi Prahos menų akademijoje,
„Académie de Sablé“, Hagos Karališkojoje konservatorijoje,
Leipcigo universiteto Muzikologijos institute. 2015 m. LMTA
apgynė meno daktaro laipsnį (doktorantūros studijų vadovės –
prof. G.Lukšaitė-Mrázková ir prof. hab. dr. G.Daunoravičienė).
B.Vaitkus – tarptautinių pianistų ir vargonininkų konkursų
Latvijoje (1984), Čekijoje (1989), Vokietijoje (1993) ir
tarptautinio M.K.Čiurlionio vargonininkų konkursas Vilniuje
(1995) laureatas bei prizininkas. Nuo 1989 m. dėsto Lietuvos
muzikos ir teatro akademijos Fortepijono ir vargonų
katedroje, docentas. Vedė meistriškumo kursus Krokuvos,
Prahos, Rygos, Veimaro, Liublianos, Varšuvos aukštosiose
muzikos mokyklose. Koncertuoja kaip solistas – vargonininkas
ir klavesinininkas, taip pat su Lietuvos ir užsienio kameriniais
bei simfoniniais orkestrais, chorais. Dalyvavo įrašant kelias
kompaktines plokšteles, tarp kurių – CD „Žymieji Baltijos šalių
vargonai“ (1995), „Lietuvos istoriniai vargonai“ (2008, 2015,
2017), „Sūduvos vargonų portretas“ (2018), „Vargonų laivė.
Didieji C.Francko kūriniai vargonams“ (2022). Nuo 2017 m. jis
yra Nacionalinės vargonininkų asociacijos pirmininkas.